Двухэтажная церковь с Никольским и Петропавловским приделами и колокольней строилась с 1788 по 1820 годы на средства прихожан. В нижнем тёплом этаже располагался зимний храм, в верхнем двухсветном — летний. Паперть была пристроена во второй половине XIX века. В ходе проектирования Волго-Балтийского водного пути Крохино оказалось в числе населённых пунктов, предназначенных к затоплению. В 1953 году в связи с предстоящим затоплением над куполом церкви Рождества Христова был установлен мигающий маяк для судоходства, благодаря чему храм избежал сноса. В 1961 году территория вокруг церкви была залита водами Шексны, лишь у колокольни оставался незатопленным небольшой участок земли. К этому времени разрушились апсида, главы храма и колокольни, перекрытия, внутреннее убранство было утрачено.