Историческая драма получила неоднозначные оценки со стороны зрителей и профессионального сообщества. Фильм подвергся критике из-за жестокого обращения с животными. Так, в одном из интервью заслуженный деятель искусств Юрий Мамин, сравнил Тарковского с Раскольниковым, считавшим что «некоторым людям позволено перейти закон». Писатель Александр Исаевич Солженицын дал такую оценку картине: «Да был ли Рублёв для режиссёра действительно центром внимания, целью раскрытия? - или только назвать собою эпоху и время, предлогом протянуть вереницу картин о мрачности вневременной России - такой, как она представляется современной образованщине? И автор создаёт непомерно длинный фильм, начинённый побочными, не к делу, эпизодами (половину киновремени они и забирают)». Историк Владимир Пашуто, напротив, отметил, что: «фильм по этому сценарию должен раскрыть глубокие, давние истоки великой русской живописи; будет учить понимать ее художественную, общественную, социально-психологическую сущность».